Giám mục Nguyễn Văn Thiện sinh ngày 13 tháng 3 năm 1906 tại Cái Cồn, Sóc Trăng, nay thuộc họ đạo Ba Trinh, giáo hạt Đại Hải, xã Ba Trinh, huyện Kế Sách, tỉnh Sóc Trăng, thuộc Giáo phận Cần Thơ. Sau quá trình tu học, ngày 20 tháng 2 năm 1932, Nguyễn Văn Thiện được thụ phong chức linh mục tại Nam Vang. Sau khi được truyền chức, linh mục Thiện đảm nhận vai trò giáo sư Nhà giảng Banam, Campuchia. Năm 1936, ông về lại Việt Nam, đảm nhận vai trò linh mục phó xứ Họ đạo Hoa Lang cho đến năm 1941 khi được thuyên chuyển làm linh mục Họ đạo Cù Lao Tây.[5]

Năm 1954, linh mục Nguyễn Văn Thiện sáng lập tờ báo Thực Hành làm cơ quan liên lạc trong địa phận. Một năm sau đó, ông được bổ nhiệm đảm nhiệm vai trò linh mục họ đạo Năng Gù, Long Xuyên trong một khoảng thời gian ngắn trước khi được điều chuyển làm linh mục chính xứ Nhà thờ chính tòa Cần Thơ. Năm 1956, linh mục Nguyễn Văn Thiện được chọn là linh mục Tổng Đại diện Địa phận Cần Thơ, đồng thời ông cũng cho lập một nhà in với mục đích in ấn các sách Công giáo.[5]